De 14 jarige Alex Rider (Alex Pettyfer) woont bij zijn oom Ian Rider (Ewan McGregor), een saaie bankemployee. Als Ian op mysterieuze wijze overlijdt, ontdekt Alex dat zijn oom in werkelijkheid een spion was en dat hij vermoord is door één van de gevaarlijkste huurmoordenaars ter wereld. Als nieuw lid van de geheime unit M16 zoekt de schooljongen zijn weg in de wereld van spionage. Alex beschikt over alle eigenschappen om de perfecte tienerspion te zijn. Bewapend met speciaal voor hem ontwikkelde gadgets begint hij aan zijn eerste missie.

Billionair Darrius Sayle (Mickey Rourke) heeft aangeboden om een gratis Stormbreaker mega- computer te doneren aan elke school in Engeland. Maar wat zit er achter dit vrijgevige gebaar?
Alex wordt op pad gestuurd om dit uit te zoeken. Undercover als winnaar van een computerwedstrijd, dringt hij Sayle’s zwaar bewaakte laboratorium binnen. Daar ontmoet hij Sayle en zijn duistere handlangers Mr. Grin (Andy Serkis) en Nadia Vole (Missy Pyle) en vindt de Stormbreaker computer.
Al snel komt Alex er achter dat er iets niet pluis is met deze computer. Maar voordat hij alarm kan slaan wordt hij ontmaskerd en gevangen genomen door Sayle. Deze vertelt Alex dat de Stormbreaker computers een dodelijk biologisch virus bevatten, waarmee hij alle schoolkinderen wil vermoorden. Alex ontsnapt en probeert met behulp van zijn gadgets op tijd in Londen te komen. Daar staat de premier op het punt om op de Stormbreaker lanceringsknop te drukken, waarmee alle computers geactiveerd worden.
In de allerlaatste minuut lukt het Alex om de computer uit te schakelen maar komt hij oog in oog te staan met Sayle. Zal Alex’s eerste opdracht meteen zijn laatste zijn?